植物基因组学国家重点实验室依托于中国科学院遗传与发育生物学研究所和中国科学院微生物研究所。实验室有34个创新研究组以及基因组学技术平台。实验室的主要研究方向为植物基因组的结构与调控、重要农艺性状的功能基因组学、植物激素作用的分子机理、植物与环境、病虫互作的分子机理、植物生物技术与分子育种等。