农业生物技术国家重点实验室的主要任务是根据农业生物技术的学科特点和发展趋势，以解决制约农业和农村经济发展的重要问题和促进生物技术的科技进步为目标，为重要农作物、农业微生物和家畜(禽)生物技术的进步提供技术储备，将实验室建设成为代表我国农业生物技术水平的研究基地、生物技术高层次人才的培养基地和国内外学术交流中心。